Borghøyden er godt kjent blant norske arkeologer. Området er tettpakket med spennende spor fra fortiden. Da oppdagelsen først ble gjort, var det for mange overraskende å finne et stort og rikt høvdingsete så langt nord.

Gjenstandsmaterialet var så rikt at enkelte ting var nesten helt enestående i norsk sammenheng. Det er funnet importert glass, edelmetall og keramikk her, ting som kun finner paralleller i funnmaterialet fra de aller rikeste høvdingsetene i Sør-Norge, samt på handelsstedet Kaupang.

Funn av fem gullgubber her på Borg viser at høvdingeslekten her hørte til blant Skandinavias mektige høvdinger i vikingtid.

Utgravninger
Det har vært en rekke utgravninger her siden restene av høvdingegården først ble oppdaget i 1981. Det er Tromsø Museum som har ansvaret for arkeologiske utgravninger på Borg. Fra 1983 til 1989 ledet de et stort fellesnordisk utgravningsprosjekt på Borghøyden. Det ble klart at man her hadde funnet et høvdingsete fra yngre jernalder, og at det hadde stått flere hus fra ulike perioder oppe på høyden. Hovedutgravningsfeltene Borg I (høvdinghuset) og Borg II (hus fra 1000-tallet) ble nesten helt utgravd.  Et hjørne av høvdingehuset ble bevart uutforsket for senere forskningsprosjekter.  Husenes størrelse og rominndeling ble klarlagt. Rommenes funksjon ble analysert utfra hvor man fant ulike typer gjenstandsmateriale.  Arkeologene avdekket et hus fra 500-900 e.kr. Dette huset var i utgangspunktet 67 meter. På 700 tallet gjennomgikk huset en større ombygging og ble 83 meter langt og 9,5 m bredt. Det ble klart at høvdinghuset er det lengste huset vi kjenner fra vikingtid. I tillegg ble det gjort en rekke helt særegne gjenstandsfunn i og ved gildehallen. Svært sjelden frankisk keramikk og gulldekorerte glass er eksempler du kan se i museets utstilling. Funn av fem små gullgubber i et stolpehull gjør at høvdinggården må sees på lik linje med andre store høvdingseter i skandinavisk vikingtid.

Det rekonstruerte høvdinghuset på Lofotr vikingmuseum er basert på utgravningene fra husets siste fase. Bakkenivået, plassering av stolpene som holder taket oppe, ildsted og vegger, er plassert slik det ble funnet. Alt over bakkenivå er tolkninger basert på skriftlige kilder og komparativt materiale fra andre steder. Huset er 9 meter høyt. Høyde og takvinkel er et resultat av forskning på tilsvarende langhus over hele Norden. Også bevarte norske middelalderbygg, som stavkirkene, har vært vurdert når man bestemte hvordan huset skulle rekonstrueres. Rekonstruksjonen ligger parallelt med den originale tufta hvor utgravningene fant sted. I dag kan du se den opprinnelige hustufta rekonstruert med veggvoller i torv og firkantede stolper som markerer hvor stolpehullene ble funnet.  

Fra 2000 til 2002 var det igjen arkeologiske utgravninger på Borg. Denne gangen var det et hus fra tidlig middelalder, 1100-1200-tallet, som ble avdekket. I samme prosjekt ble det funnet kokegroper som er ca 2000 år gamle. Området rundt høvdinghuset er fullt av spor fra menneskenes liv i fortiden. Museet må ta hensyn når nye aktiviteter og bygninger planlegges. Borghøyden er et område arkeologene ser på med stor interesse. Tromsø Museum har sendt studenter hit på arkeologiske feltkurs.

Da det skulle bygges et nytt museumsbygg var det igjen tid for veldig spennende utgravninger. I 2009 og 2010 ble det avdekket et stort kokegropfelt her. Kokegroper er en form for utendørs matlaging i store nedgravninger i bakken. Her kokes mat med oppvarmede stener. Kokegropene er fra 400 f. Kr til 700 e. Kr. Det kan bety at dette var et samlingssted alt før høvdingen bygget sin mektige hall. Også flere husspor ble avdekket i de foreløpig siste utgravningene.  Oppe på høyden  er det funnet spor av minst 8 langhus, sannsynligvis fler. Fire av disse er datert til jernalder/middelalder, de øvrige er foreløpig udatert.

 I nærmiljøet rundt Borghøyden ligger det svært mange spennende arkeologiske spor. Disse er med på å styrke teorien om Borg som høvdingesete i jernalder. Nede ved Innerpollen ligger det en stor samling nausttufter fra jernalder, og på Bøstad rett i nærheten finnes både gravfelt og et av de særpregede nordnorske ringformede tunanleggene fra eldre jernalder.